OS 3.1.3にしたらマナーモード関係が修正されたけど、
iPhoneのOSをアップデートしたら、これまでマナーモードでもアプリ内での動画再生で音がなっていた問題が修正されたようです。
しかし!これまでマナーモードでもちゃんと音がなっていたSleepCycleがバイブレーションだけになってしまいました。うーん、これは困った。
[追記 2010/2/10]
SleepCycleを一旦iPhoneから削除して、再度インストールしたら、なぜかマナーモードでもちゃんと音がなるようになりました。